Das Werdenfels-Gymnasium ist morgens ab ca. 7.00 Uhr geöffnet. Die Schülerinnen und Schüler halten sich bis zum Öffnen der Klassenzimmer im Eingangsbereich und in der Cafeteria auf.

Um 7.35 Uhr öffnen die Klassenzimmer. Um 7.45 Uhr beginnt der Unterricht. Vormittags finden zwei Pausen statt: 9.15 - 9.30 und 11.00 - 11.15.

Die 7. Stunde wird von den meisten Schülerinnen und Schülern zum Essen genutzt. Der reguläre Nachmittagsunterricht beginnt dann um 13.30 Uhr.
Von 15.00 - 15.10 Uhr legen die Oberstufenschüler noch einmal eine kleine Verschnaufpause ein.

Die Lernwerkstätten beginnen jedoch kurz vor dem regulären Nachmittagsunterricht: 13.15 - 14.00 Uhr.